이텔멘어는 복잡한 자음군이 가능한 언어이기 때문에 음절구조 역시 매우 다양하게 나타날 수 있다. 약 32개의 유형이 확인되었으며 닫힌 음절이 약 65%로 열린 음절보다 약간 많다. 가장 많이 볼 수 있는 음절구조는 CVC (35%), CV (25%), CCVC (11%), CVCC (8~9%) 이다. 자음군에서 전형적인 자음의 분포는 가장자리에서부터 plosive-fricative-nasal 이다. 어근은 1~3음절; 접사는 1음절이 독보적이다. 일반적으로 단어의 음절구분과 형태소 구분이 일치하지 않는다.