현대 키르기즈어 문어에서 26개의 자음이 있다. 그 중에 6개 в, ф, ж, х, ц, щ 음운은 순 키르기즈어 어휘에서 사용되지 않는다. 이 자음 대부분은 러시아어에서 빌려온 차용어에서만 사용된다.
음소: б, в, г, д, ж, з, й, к, л, м, н, ң п, р, с, т, ф, х, ц, ч, ш, щ
음운 ɣ, ʒ, q는 독립 음소로 표시되지 않지만 특정한 음운적 환경과 위치에서 실현된다(아래 표에서 괄호 안에 표시됨).
양순음
순치음
치조음
치조구개음
연구개음
구개수음
파열음
p b
t d
k g
(q)
파찰음
ʦ č ʤ
마찰음
f v
s z
š (ʒ)
j ɕ
x (ɣ)
비음
m
n
ŋ
설측음
l
전동음
r
양순음
키르기즈어에서 3개 양순음이 있다. 유성파열음 b, 무성파열음 p, 비음 m.
p는 순 키르기즈어에서 어두 위치에서 나타나지 않으며 언제나 b만 나타난다. 사전에 p로 시작되는 어휘 목록 모두 이란어, 아랍어, 러시아어 차용어이다. pul ‘돈’(이란어), pijaz ‘양파’(이란어), paviljon ‘전시관’(러시아어), paket ‘봉지’(러시아어), paida ‘이익’(아랍어).
양순음은 음운환경에 따라 연자음과 경자음으로 실현되지만 음운론적 변별자질을 갖지 않는다.
b는 전설음 앞에서 구개음화된다. bol ‘되다’(경자음), bøl ‘나누다’(연자음).
b는 무성음을 따르는 경우 무성음화된다. taš ‘돌’→ taš-pɨ ‘돌인가?’, to:k ‘닭’ → to:k-pu ‘닭인가?’, (비교: ša:rbɨ ‘도시인가?’). 무성음화된 b는 표기는 바뀌지 않는다.
어말 위치의 p는 모음으로 시작되는 접사가 후행하는 경우 유성음화되어 유성파열음 b로 발음된다. kitep ‘책’ → kitebi ‘그의 책’. 이때 표기도 유성음 b로 바꿔 쓴다.
유성음화된 p는 후행 어휘가 모음으로 시작되는 경우 접근음 ʋ로 발음된다. kitep aldɨm ‘책을 가졌다.’
순치음
순치음 f, v는 순 키르기즈어에 없으며 차용어에만 사용된다. fabrika ‘공장’, facultet ‘과’.
치조음, 치조구개음
키르기즈어에 10개의 치조음과 치조구개음이 있다.
d와 t는 방언에 따라 어두 위치에서 쉽게 구별되지 않는다. tarbɨz/darbɨz ‘수박’, taam/daam ‘맛’, talaa/dalaa ‘들판’.
그러나 어중 위치에서 이들 음운을 구별하는데 별 문제가 없다. atɨr ‘향수’, adɨr ‘언덕’, qatɨr- ‘말린’, qadɨr ‘존엄’.
d와 t는 전설음 앞에서 연자음화가 되지만 그 정도는 미약하다. keldi ‘그가 왔다’, ketti ‘그가 갔다’.