위구르어 모음조화는 구개음화와 순음화의 원칙에 따른 모음의 결합으로 나타난다. 이러한 법칙들은 위구르어의 친족어들에서는 절대적인 특징으로 나타나지만 위구르어에서는 비일관적으로 반영된다. 구개음과 순음 조화의 실현 정도는 키르키즈어와 같은 모음조화 언어들과, 우즈벡어와 같은 모음조화가 일어나지 않는 언어들 사이에 위치한다.
단어의 어근과 접사의 모음이 구개 특성에 따라 일치하는 현상.
하지만 위구르어에서 모음조화는 안정적인 특징이 아닌데, 이는 두가지 발음을 가진 단어들을 통해서 알 수 있다.
위구르어 음운론의 특징적인 규칙 중 하나는, 강세를 받는 좁은 모음과 두번째 음절의 넓은 모음에서 어근의 모음 а, ә 가 е 로 교체된다는 것이다.
단음절 동사에서 ә 의 е로의 규칙적인 변화는 넓은 ә 접사의 역조화의 여러가지 현상 중 하나로 바라보아야 한다.
다음절 단어의 좁은 모음의 역조화는 오직 어간의 선행 음절에만 영향을 끼친다.
하지만 좁은 모음의 넓은 모음 а, ә에 대한 역행조화는 그들 사이에 장벽 - 자음의 융합 - 이 형성되면 중화된다.
좁은 모음의 모음 а 와 ә 에 대한 역조화는 몇몇 단음절 단어에서는 발생하지 않는다.