에네츠어의 자음은 총 22개이다(반자음 w를 음소로 제시하는지, 구개음화된 t를 독립된 음소로 제시하는지의 여부는 학자들마다 다른 견해를 보인다. 본문에서는 구개음화 된 t는 그 유성음 짝 d와의 형평성을 고려하여 음소로 포함시켰으나, 반자음 w는 소수의 차용어에서만 나타나므로 음소의 개수에서 제외하였다.). 구개음화된 자음을 별도로 세어 25개로 구분한 경우도 있다(1966, 1999). 1966에서는 설근음/후두음을 다시 비음화된 것과 비음화되지 않은 것으로 세분하였으나(1966:440) 본문은 좀 더 최근의 연구에 따라 설근음/후두음을 세분하지 않고 하나로 제시하였다.

(자음표)

В(w), ӈ(ŋ), х(x)는 그 쓰임세가 비교적 적은데, в(w)는 네네츠어와 함께 쓰는 몇몇 단어나 러시아어 차용어에서; ӈ(ŋ)은 소수 단어의 어두 또는 어형변화에; х(x)는 주로 문법적 포먼트에 나타난다. й(j)는 단어 중간이나 어말에서만 나타난다.(1966) 1966에서는 두 가지 후두음을 구분하며 다음과 같은 예를 들었다(1966:439).

예) дю ‘자고새나 여우 등의 사냥기구’ дюʼ ‘100’ дюʼʼ ‘지방, 기름’

그러나 2001년의 사전에는 위의 단어가 다음과 같이 등재되어서 마지막 후두음의 구분을 반영하고 있지 않다.

사전등재) (표제어 없음) ‘자고새나 여우 등의 사냥기구’ дюр ‘100’ дю(р)-дюро ‘지방, 기름’

후두음의 구분 유무에 따라 명사의 격변화를 구분하는 방식에도 차이를 보인다(22_noun 항목 참조).

한편, 1966에는 장자음의 존재도 다루고 있다(1999, 2005에는 없음). 2001의 사전에 따르면 아래 예의 표기는 발음을 따라 적은 장자음 표기이고 철자에는 반영되지 않는다.

예(1966:440) агга(agga) '큰' лоттэ (lotte) '상자, 가방' оддо(oddo) '작은 배' тонэ (tone) '오물(생선 이름)' - тоннэ (tonne) '있다'

비고. тоннэ와 тонэ의 구분은 1966에만 예시(2001 사전에는 тонэ가 ‘있다, 존재하다’의 의미로만 등재되어있고 ‘오물’은 등재되어있지 않다).