에네츠어의 자음은 총 22개이다. 에네츠어는 다수의 음소가 이음(allophone)을 갖는데(1999:10), 이 때 학자에 따라 음소로 인정하는 음의 수에는 차이가 있다. 예를 들어, 반자음 w를 음소로 제시하는지, 구개음화된 t를 독립된 음소로 제시하는지의 여부는 학자들마다 다른 견해를 보인다. 본문에서는 구개음화 된 t는 그 유성음 짝 d와의 형평성을 고려하여 음소로 포함시켰으나, 반자음 w는 소수의 차용어에서만 나타나므로 음소의 개수에서 제외하였다.

1966에서는 후두음(설근음)을 다시 비음화된 것과 비음화되지 않은 것으로 세분하였으나(1966:440), 본문은 좀 더 최근의 연구에 따라 후두음을 세분하지 않고 하나로 제시하였다.

(자음표)

В(w), ӈ(ŋ), х(x)는 그 쓰임세가 제한적이어서, в(w)는 네네츠어와 함께 쓰는 몇몇 단어나 러시아어 차용어에서; ӈ(ŋ)은 소수 단어의 어두 또는 어형변화에; х(x)는 주로 문법적 포먼트에 나타난다. й(j)는 단어 중간이나 어말에서만 나타난다.(1966)

1966에서는 두 가지 후두음을 구분하며 다음과 같은 예를 들었다(1966:439).

그러나 2001년의 사전에는 위의 단어가 다음과 같이 등재되어서 마지막 후두음의 구분을 반영하고 있지 않다.

후두음의 구분 유무에 따라 명사의 격변화를 구분하는 방식에도 차이를 보인다(22_noun 항목 참조).

한편, 1966에는 장자음의 존재도 다루고 있다(1999, 2005에는 없음). 2001의 사전에 따르면 아래 예의 표기는 발음을 따라 적은 장자음 표기이고 테레쉔코 등의 정자법에는 반영되지 않는다.