에네츠어의 자음은 총 22개이다. 에네츠어는 다수의 음소가 이음(allophone)을 갖는데(1999:10), 이 때 학자에 따라 음소로 인정하는 음의 수에는 차이가 있다. 예를 들어, 반자음 w를 음소로 제시하는지, 구개음화된 t를 독립된 음소로 제시하는지의 여부는 학자들마다 다른 견해를 보인다. 본문에서는 구개음화 된 t는 그 유성음 짝 d와의 형평성을 고려하여 음소로 포함시켰으나, 반자음 w는 소수의 차용어에서만 나타나므로 음소의 개수에서 제외하였다.

1966에서는 후두음(설근음)을 다시 비음화된 것과 비음화되지 않은 것으로 세분하였으나(1966:440), 본문은 좀 더 최근의 연구에 따라 후두음을 세분하지 않고 하나로 제시하였다.

В(w), ӈ(ŋ), х(x)는 그 쓰임세가 제한적이어서, в(w)는 네네츠어와 함께 쓰는 몇몇 단어나 러시아어 차용어에서; ӈ(ŋ)은 소수 단어의 어두 또는 어형변화에; х(x)는 주로 문법적 포먼트에 나타난다. й(j)는 단어 중간이나 어말에서만 나타난다.(1966)

1966에서는 두 가지 후두음을 구분하며 다음과 같은 예를 들었다(1966:439).

그러나 2001년의 사전에는 위의 단어가 다음과 같이 등재되어서 마지막 후두음의 구분을 반영하고 있지 않다.

후두음의 구분 유무에 따라 명사의 격변화를 구분하는 방식에도 차이를 보인다(22_noun 항목 참조).

한편, 1966에는 장자음의 존재도 다루고 있다(1999, 2005에는 없음). 아래의 예는 발음을 따라 장자음 표기한 것이지만, 테레쉔코의 정자법이나 소로키나의 사전 등재어에는 장자음이 철자에 반영되어 있지 않다.

비고. тонэ(tone)와 тоннэ(tonne) 의 구분은 1966에만 예시되어 있다. 장자음을 별도로 표기하지 않는 2001 사전에 тонэ(tone)는 ‘있다, 존재하다’의 의미로만 등재되어있고 ‘오물’은 등재되어있지 않다.