-자푹어는 자음 체계가 가장 풍부한 언어 중 하나이다.
-자푹어의 단순 자음 체계는 다음과 같다.
| 양순음 | 치음 | 치조구개음 | 권설음 | 경구개음 | 연구개음 | 구개수음 | |
| 무성무기파열음 | p | t | c | k | q | ||
| 무성유기파열음 | pʰ | tʰ | cʰ | kʰ | qʰ | ||
| 유성파열음 | b | d | ɟ | g | |||
| 선비음화유성파열음 | mb | nd | ɲɟ | ŋg | ɴɢ | ||
| 무성무기파찰음 | ts | tɕ | tʂ | ||||
| 무성유기파찰음 | tsʰ | tɕʰ | tʂʰ | ||||
| 유성파찰음 | dz | dʑ | dʐ | ||||
| 선비음화유성파찰음 | ndz | ndʑ | ndʐ | ||||
| 비음 | m | n | ɲ | ŋ | |||
| 무성마찰음 | s | ɕ | ʂ | x | χ | ||
| 유성마찰음 | z | ʑ | ɣ | ʁ | |||
| 반모음 | w | l | r | j | |||
| 무성설측음 | ɬ |
| bilabial | plosive | p pʰ b mb |
| bilabial | nasal | m |
| bilabial | approximant | w |
| alveolar | plosive | t tʰ d nd |
| alveolar | nasal | n |
| alveolar | fricative | s z ɬ |
| alveolar | sibilant affricate | ts tsʰ dz ndz |
| alveolar | approximant | l |
| retroflex | fricative | ʂ |
| retroflex | sibilant affricate | tʂ tʂʰ dʐ ndʐ |
| retroflex | approximant | r |
| postalveolar | fricative | ɕ ʑ |
| postalveolar | sibilant affricate | tɕ tɕʰ dʑ ndʑ |
| palatal | plosive | c cʰ ɟ ɲɟ |
| palatal | nasal | ɲ |
| palatal | approximant | j |
| velar | plosive | k kʰ g ŋg |
| velar | nasal | ŋ |
| velar | fricative | x ɣ |
| uvlar | plosive | q qʰ ɴɢ |
| uvlar | fricative | χ ʁ |
-조음위치에 있어서, 구개수, 연구개, 경구개(설면후)를 구분하는 언어는 매우 드물다. Ladefoged and Maddieson(1996: 35)에서 300여 언어를 조사한 결과, 그런 언어는 Jaqaru어 하나뿐이었다. Jaqaru어 자음 체계의 조음위치는 치조구개(설면전), 권설, 경구개(설면후), 연구개, 구개수의 5개 위치를 구별한다.
-자푹어는 이 5개뿐 아니라, 연구개음+j, 구개수음+j의 자음군도 허용하여, 경구개~구개수 위치에서 자음의 대립이 가장 많은 언어 중 하나라 할 수 있다.