크로캅어의 자음은 총 42개이다. 이를 자세히 살펴보면 다음과 같다.
| bilabial | plosive | b p pʰ |
| bilabial | nasal | m |
| labiodental | fricative | w f v |
| alveolar | plosive | t tʰ d |
| alveolar | nasal | n |
| alveolar | fricative | s z |
| alveolar | lateral approximant | l |
| alveolar | lateral fricative | ɬ |
| alveolar | trill | r |
| palatal | fricative | ɕ ʑ |
| palatal | approximant | j |
| palatal | nasal | ɲ |
| pulmonic | sibilant | ts tsʰ tɕ tɕʰ dz dʑ ɖʐ ʈʂ ʈʂʰ |
| pulmonic | non-sibilant | cç cçʰ ɟʝ |
| velar | plosive | k kʰ |
| velar | nasal | ŋ |
| velar | fricative | ɣ |
| velar | plosive | k g |
| uvular | plosive | q qʰ |
| uvular | fricative | χ ʁ |
| glottal | plosive | ʔ |
| retroflex | sibilant fricative | ʂ |