고대시기 (8-9세기): 키르기즈 민족은 기원후 에니세이강 주변에 거주해 왔기 때문에 키르기즈어는 에니세이강 일대에 사는 민족들이 사용하는 알타이어족에 속하는 언어들과 많은 공통점을 가지고 있다(Baskakov1969). 후에 키르기족이 여러 지역으로 이동하는 과정에서 키르기즈어는 튀르크어파 큽착어군 언어들과의 접촉에 의해 이 언어들로부터 많은 영향을 받게 된다. 키르기즈어는 방언들 내의 이차 모음 장음화, 어말 자음의 무성화, 모음사이의 유성화 등에 있어서 큽착어군과 구분되는 차이점이 있지만 두 언어 모두 알타이어족의 특징을 공유하고 있다. 키르기즈어의 이러한 특성들은 알타이어(Altay), 하카스어(Hakhas), 쇼르어(Shor), 투바어(Tuva), 야쿠트어(Yakut) 등과 더불어 오랜 기간에 걸쳐 지리적으로 가까이 있었기 때문에 나타나는 것이며, 또한 몽골어 만주퉁구스어 등의 언어들과도 밀접한 관계에 있었기 때문이다. 이와 같은 언어 접촉에 의해 키르기즈어는 다른 튀르크 언어들과 다른 특성들을 갖게 되었다. 이러한 특징에 근거하여 러시아 튀르크학에서 키르기즈어를 튀르크 언어의 동훈족인 키르기즈-큽작어계에 속하는 언어로 분류하고 있다(Baskakov1969).

15세기 이후: 15세기부터 18세기 중반에 이르는 시기에 키르기즈족이 현재 키르기즈스탄의 남쪽 지역 가까이 거주했기 때문에 키르기즈어의 모든 방언에는 이 지역에서 사용되던 이란어와 아랍어로부터 많은 차용어가 유입되었다. 18 세기 중반부터 19세기 초에 북부 방언과 남부 방언, 서남부 방언과 동남부 방언 사이에 이질화가 심해졌다. 또한 소련 휘하에서 여러 키르기즈 부족들이 소련의 정책에 의해 한 곳에 모여 살게 되었고 이 시기에 키르기즈어 표준화 사업이 시작되었다. 현대 키르기즈어에서 러시아말이 대거로 유입되어 키르기즈어와 병행하여 사용하게 되었다.