현대 키르기즈어 문어에서 26개의 자음이 있다. 그 중에 6개 в, ф, ж, х, ц, щ 음운은 순 키르기즈어 어휘에서 사용되지 않는다. 이 자음 대부분은 러시아어에서 빌려온 차용어에서만 사용된다.

음소: б, в, г, д, ж, з, й, к, л, м, н, ң п, р, с, т, ф, х, ц, ч, ш, щ

음운 ɣ, ʒ, q는 독립 음소로 표시되지 않지만 특정한 음운적 환경과 위치에서 실현된다(아래 표에서 괄호 안에 표시됨).

키르기즈어에서 3개 양순음이 있다. 유성파열음 b, 무성파열음 p, 비음 m.

p는 순 키르기즈어에서 어두 위치에서 나타나지 않으며 언제나 b만 나타난다. 사전에 p로 시작되는 어휘 목록 모두 이란어, 아랍어, 러시아어 차용어이다. pul ‘돈’(이란어), pijaz ‘양파’(이란어), paviljon ‘전시관’(러시아어), paket ‘봉지’(러시아어), paida ‘이익’(아랍어).

양순음은 음운환경에 따라 연자음과 경자음으로 실현되지만 음운론적 변별자질을 갖지 않는다.

b는 전설음 앞에서 구개음화된다. bol ‘되다’(경자음), bøl ‘나누다’(연자음).

b는 무성음을 따르는 경우 무성음화된다. taš ‘돌’→ taš-pɨ ‘돌인가?’, to:k ‘닭’ → to:k-pu ‘닭인가?’, (비교: ša:rbɨ ‘도시인가?’). 무성음화된 b는 표기는 바뀌지 않는다.

어말 위치의 p는 모음으로 시작되는 접사가 후행하는 경우 유성음화되어 유성파열음 b로 발음된다. kitep ‘책’ → kitebi ‘그의 책’. 이때 표기도 유성음 b로 바꿔 쓴다.

유성음화된 p는 후행 어휘가 모음으로 시작되는 경우 접근음 ʋ로 발음된다. kitep aldɨm ‘책을 가졌다.’

순치음 f, v는 순 키르기즈어에 없으며 차용어에만 사용된다. fabrika ‘공장’, facultet ‘과’.

키르기즈어에 10개의 치조음과 치조구개음이 있다.

d와 t는 방언에 따라 어두 위치에서 쉽게 구별되지 않는다. tarbɨz/darbɨz ‘수박’, taam/daam ‘맛’, talaa/dalaa ‘들판’.

그러나 어중 위치에서 이들 음운을 구별하는데 별 문제가 없다. atɨr ‘향수’, adɨr ‘언덕’, qatɨr- ‘말린’, qadɨr ‘존엄’.

d와 t는 전설음 앞에서 연자음화가 되지만 그 정도는 미약하다. keldi ‘그가 왔다’, ketti ‘그가 갔다’.

z, s, š는 위치와 무관하게 원음대로 발음된다. z는 어말에서 무성음화되지 않는다(?)

l, n, r는 역사적으로 순 키르기즈어에서 어두 위치에서 나타나지 않았다.

n는 이란어와 아랍어에서 들어온 차용어에서 사용하게 되었다.

r는 대부분 러시아어에서 들어온 차용어의 어두 위치에서 나타나지만 키르기즈어로 넘어오면서 r 앞에 모음이 삽입되었다. rol’ (러시아어 ‘역할’) → urol (키르기즈어 ‘역할’), rajon (러시아어 ‘지역’) → ɨrajon (키르기즈어 ‘지역’)

낱말 활용에서 l과 n은 유성음 후행하는 경우 이화가 일어나서 d 이음으로 실현된다. atalar ‘아버지들’ kɨzdar ‘아가씨들’.

g는 전설음 앞에서 /g/ 파열음으로 발음된다. egin ‘파종’, gyl ‘꽃’,
- g는 후설음 앞에서 연구개 유성마찰음으로 발음된다. ʤɯɣač ‘제재목’, soɣuš ‘전쟁’

g는 어두 위치에서 차용어 한해서만 실현된다.

k는 k 연구개음과 q 구개수음을 모두 표기한다.

k 연구개음은 전설음 앞에서 실현된다. kel ‘오다’, køl ‘호수’.

q 구개수음은 후설음 앞에서 실현된다. qal ‘남다’, qol ‘손’.

k는 모음 사이 유성음화된다. balɯk ‘물고기’, balɯgɯ ‘그의 물고기’, øtyk ‘신발’ → øtygy ‘그의 신발’.

ŋ은 어두 위치에서 실현되지 않고 어중과 어말 위치에서만 실현된다.