• 키르기즈어에서 전설/후설 모음조화와 원순/비원순 모음조화가 있다. 이를 각각 구개적조화(palatal harmony), 설근적조화(labial harmony)라고 한다.

• 어휘의 어근이 다음절어인 경우 어근 안에서 모음조화가 일어나며 합성어 파생 과정과 격, 수, 인칭 등의 어형변화에 관여하는 접사에도 모음조화가 일어난다.
• 어근의 모음 유형에 따라 결합하는 접사의 모음이 정해진다.
  
• 어휘 파생.활용하는데 있어 두 개 모음조화가 동시에 일어나 상호 작용하기 때문에 모음 선택이 제한되어 있다.
• 때문에 어근의 모음 유형에 따라 결합하는 접사의 모음 유형은 기본적으로 2가지밖에 안 된다.
• 순 키르기즈어 어근은 다음절어인 경우 전/후설, 원순/비원순 모음조화 규칙이 작용되어 2개 유형의 모음만 사용이 가능하다.
• 어휘 파생함에 있어 어근에 결합하는 접사에 따라 원순/비원순 모음조화가 지켜지지 않는 경우가 있으나 전설/후설 모음조화가 지켜진다. 이때 모음 유형이 3-4개 실현될 수 있는데 같은 전설음끼리 혹은 후설음끼리 어울려 사용된다.
• 차용어에서 모음조화 규칙이 지켜지지 않는다.

• 후설모음 중에 원순음 대 비원순음 대립에 따라 이차적인 모음조화가 일어난다.
• 어휘의 앞에 후설 비원순음 a나 ɨ가 나오면 뒤에서 언제나 비원순음이 나온다.
• 후설 원순음 중 첫음절에 o가 오는 경우 뒤의 음절에 원칙적으로 같은 원순음 o나 u가 온다.
• 그러나 첫음절에 u가 오는 경우 뒤 음절에 비원순음 a만 올 수 있는 것은 예외이다. 이때 뒤 음절 o: 장음일 때만 가능하다.
• 따라서 u는 원순성에 따른 설근적 조화를 유발하지 않는다.

• 키르기즈어에서 수, 격, 재귀 등의 변화에 관여하는 접사의 모음 유형은 전설모음 대 후설모음, 원순모음 대 비원순모음 이형태 중 하나가 선택된다.
• 또한 어근의 모음이 고모음이냐 저모음이냐에 따라서 한번 더 선택이 일어나서 각각 형태마다 기본적으로 4개의 이형태가 발달되어 있다.
• 예를 들어 목적격 접사 -nɨ는 고모음 계열의 모음이니 이의 이형태들은 -ni, -ny, -nu, -nɨ 고모음만 사용된다(자음동화에 따른 이형태 제외).
• 여격 접사 -ga는 저모음 계열의 모음 유형이니 이형태들에 -ge, -gø, -ga, -go에서와 같이 저모음만 사용된다.

• 순 키르기즈어에서 어휘의 첫 음절의 모음이 원순모음인 경우 후속 음절에도 원순음이 실현된다.
• 그러나 구개적 모음조화에 비해서 원순(설근적) 모음조화가 지켜지지 않는 경우가 있다.
• 원순조화가 깨지는 경우는 차용어에서 온 파생접사에 의해서 생긴다.
• 예를 들어 이란어에서 차용된 -man, -ker (직업 파생접사), -stan (지명 접사), 아랍에서 차용된 -ij, -taj, -ke, -ek (애칭 접사).
• 역으로 어근에 조합하는 접사 중에 원순음밖에 없는 형태가 있어서 원순조화가 지켜지지 않는 경우가 있다.
• 예를 들어 순 키르기즈어 명사화 접사 -u:와 -y: 원순음은 선행 어근의 비원순음과 조화를 이루지 않아도 제약이 오지 않는다.
• 이러한 접사가 비원순 이형태가 없어서 원순 조화가 깨지는 것이지만 키르기즈어에서 이러한 접사가 많지 않다.
• 대부분의 이형태는 전/후설, 원순/비원순 자질에 따라 총 4개의 변이음을 갖고 있다.
• 외 많은 차용어에서 원순조화 뿐만 아니라 구개적 조화도 깨지는 경우가 있다.
  

• 키르기즈어 음운과정 중에 자음의 유/무성 대립에 따라 자음동화(assimilation)와 자음이화(dissimilation)가 일어난다.
• 키르기즈어세어 어휘파생(합성어 생성)과 어형변화(명사곡용, 동사활용)에 관여하는 접사는 언제나 선행하는 요소의 마지막 음운의 자질에 따라 변이형태가 채택된다.
• 따라서 동일한 의미소를 갖는 각기 다른 변이형태들이 발달되어 있다.

- b, d, g로 시작되는 접사가 인접한 선행어의 마지막 음운이 무성음인 경우의 무성음화되어 각각 p, t, k로 시작되는 이형태로 실현된다.

• b → p
• ʤaš+bɨ → ʤašpɨ ‘젊습니까?’, tart+ba → tartpa ‘댕기지 마’, uk+ba → ukpa ‘듣지 마’, at+bɨ → atpɨ ‘말입니까?’.
• d → t
• ʤumuš+dan → ʤumuštan ‘직장에서’, tyndyk+dø → tyndyktø ‘북에서’, mektep+de → mektepte ‘학교에서’.
• g → k
• bak+ga → bakka ‘나무로’, sa:t+ga → sa:tka ‘(몇)시에’, at+gɨč → atkɨč ‘사격수’, tɨš+garɨ → tɨškarɨ ‘밖에’.

-z는 무성음 앞에서 규칙적으로 무성음화되어 s의 변이음으로 발음된다. s는 따로 이형태가 존재하지 않으며 변이음으로만 실현된다. 이는 선행요소가 무성음화되는 역행동화의 경우이다.

• søz+syz → 발음: søssyz, 표기: søzsyz ‘말 없이’, tuz+suz → 발음: tussuz, 표기: tuzsuz ‘소금 없이’, soz+so → 발음: sosso, 표기: sozso ‘끌면’, køz sal → 발음: køs sal, 표기: køz sal ‘보살펴 보다’, kaz+ sa → 발음: kassa, 표기: kazsa ‘(땅을) 파면’.

-n은 g, k 앞에서 연구개음화되어 ŋ로 발음된다.

• køryn+gøn → køryŋgøn ‘보였던’, mu:n+ga → mu:ŋga ‘음절에’, ʤu:n+gan → ʤu:ŋgan ‘목욕했던’, kuban+gan → kubaŋgan ‘기뻤던’, tyn+ky → tyŋky ‘밤의’.

-p, t, k로 끝나는 어근이나 접사는 모음사이에 유성음화되어 b, d, g로 발음된다. 이때 표기는 변화된 변이음으로 바뀌어서 쓴다.

• kitep+im → kitebim ‘나의 책’, bak+ɨ → bagɨ ‘그의 나무’, ʤuk+u: → ʤugu: ‘옮음’, čɨk+ar → čɨgar ‘나가겠다’, tik+u: → tigu: ‘심는 것’, køk+ar → køgør ‘파래지다’, top+um → tobum ‘나의 공’,

- 키르기즈어에서 어근 안에서 혹은 접사와 인접되는 자리에 두 개 비음이 조합되는 경우 이화가 일어난다. 이때 후행 요소가 대부분의 경우 유성음화된다. ll, nl, rl의 따위이다.

• ll, nl, rl → ld, nd, rd
• kam+la → kamda ‘챙기다’, ʤɨl+lar → ʤɨldar ‘세월’, san+lar → sandar ‘허벅지들’, mal+lu: → maldu: ‘가축이 많은’, čenem+ly: → čenemdy: ‘제한된’, ʤɨl+lɨk → ʤɨldɨk ‘주년’, økym+lyk → økymdyk ‘화’, kalɨŋ+lɨk → kalɨŋdɨk ‘두께’.