초원마리어에는 19개의 자음 음소가 있으며 산지마리어에는 여기에 4개의 음소가 더 있다(f, c, tʲ, x) (Abondolo 1998:220-221). 한편, 초원마리어의 자음 음소를 위의 23개로 보고, 여기에 러시아어에서 새롭게 차용된 단어들에 추가적으로 쓰이는 ть tʲ, рь rʲ 까지 추가적인 음소로 보는 학자도 있다(Kovedjaeva_Nikolaeva 2001:278)

• 시작: koklšte ‘among’, tuðə̂n ‘his/hers’, palə̂me ‘known
• 중간: koklašte, žapə̂štə̂že ‘in his/her time’
• 마지막: kalə̂k ‘people’, surt ‘farm’, žap ‘time’

의 음소는 이전에는 homotopic nasal 뒤에서는 유성 파열음처럼, 나머지 위치에서는 유성 마찰음(β, ð, ɣ)의 음가를 지녔다. 그러나 오늘날에는 파열음의 음가를 지니므로 b/w, d, g와 같이 적되, b/w는 발음에 따라 w 또는 b로 표기하기로 한다(Kangasmaa-Minn 1998:220). 이와 같은 특성은 마리어의 표기법에도 반영되어 있어서, m뒤에서는 키릴문자 б(b)로, 다른 곳에서는 в(w)를 이용하여 적는다.