먀오어의 계통 문제는 먀오야오어의 계통 문제와 관련이 있다. 왜냐하면 먀오어와 야오어는 친족 관계의 언어이기 때문이다. 먀오야오어의 계통 문제에 대해서는 매우 오랫동안 논쟁이 끊이지 않았으며 지금까지도 해결되지 않았다. 이는 먀오야오어의 기원이 복잡하다는 것을 반영하는 것이다. 19세기 이래로 먀오야오어의 계통 문제에 대해서는 3가지 관점이 있었다.

1. 중국티베트어계(Sino Tibetan languages 汉藏语系) 계통설
2. 오스트로-타이어계(Austro-Tai languages, 澳泰语系) 계통설
3. 중국-오스트로네시아계(Sino-Austronesian languages, 华澳语系) 계통설