먀오어에는 59개의 자음이 존재하며 자음체계의 특징은 다음과 같다.

1. 연구개성모와 소설성모에 원순화가 일어난다.

예) kwaN35 가지

예) XwaN53 곳

예) qwe53 검다

1. 영성모 음절을 발음할 때 파찰음 성분이 포함된다. 음위로 구분하지 않으므로, 표기하지는 않는다.

예) o53 혹은 ?o53 태우다.

예) u53 혹은 ?u53 물.

1. pj, phj, bj, mj와 pʐ,bʐ,mʐ가 몇몇 단어에서 혼동되어 읽힌다.

예) ‘불다’의 뜻을 가진 단어를 phj@N53으로 읽기도 하고 phz`@N53으로 읽기도 한다.

예) 양(量)의 뜻을 가진 단어를 bja53으로 읽기도 하고 bz`@53으로 읽기도 한다.

1. ʈ,ʈh, ɖ의 실제 독음은 파찰음의 특징을 가지고 있다.
2. 성모 m̥은 m̥aŋ³⁵ “夜” 한 단어에서만 나타난다.
3. 성모 d는 각 단어에서 무성음화시킬 수 있다.
   예) ‘件’은 dE53으로 읽는데 이것을 d_0E53으로 무성음화하여 읽을 수 있다.