먀오어에는 59개의 자음이 존재하며 자음체계의 특징은 다음과 같다.

1.연구개성모와 소설성모에 원순화가 일어난다. 예를 들면 다음과 같다.

• kwaN35 가지
• XwaN53 곳
• qwe53 검다

2. 영성모 음절을 발음할 때 파찰음 성분이 포함된다. 음위로 구분하지 않으므로, 표기하지는 않는다.

• o53 혹은 ?o53 태우다.
• u53 혹은 ?u53 물.

3. pj, phj, bj, mj와 pʐ,bʐ,mʐ가 몇몇 단어에서 혼동되어 읽힌다.

예) ‘불다’의 뜻을 가진 단어를 phj@N53으로 읽기도 하고 phz`@N53으로 읽기도 한다.

예) 양(量)의 뜻을 가진 단어를 bja53으로 읽기도 하고 bz`@53으로 읽기도 한다.

4.ʈ,ʈh, ɖ의 실제 독음은 파찰음의 특징을 가지고 있다.

5.성모 m̥은 m̥aŋ³⁵ “夜” 한 단어에서만 나타난다.

6.성모 d는 각 단어에서 무성음화시킬 수 있다.

예) ‘件’은 dE53으로 읽는데 이것을 d_0E53으로 무성음화하여 읽을 수 있다.