19세기말에 출판된 최초의 네네츠어 책은 러시아어 키릴 문자 중 일부 몇 글자를 제외하고 사용하여 작성되었다.

1931년 라틴 문자에 기반을 둔 네네츠어 문자가 만들어졌으며 교과서, 신문, 문학 작품 등에서 쓰이기 시작하였다. 처음에는 장모음을 모음 글자 위에 선을 그어 표시하고 연자음을 자음 글자 뒤에 쉼표로 표시하였다. 나중에는 연자음을 표시하는 쉼표의 위치를 자음 글자 아래로 바꾸었으며 장모음 표시는 사용을 중단하였다.

1937년 소련의 다른 공화국과 마찬가지로 네네츠어 문자는 키릴 문자로 변경되었다. 처음에는 러시아어 문자에 нг과 ʼ 기호를 추가하여 사용하였다. 1950년대 말에 нг을 ӈ로 바꾸었으며 ʼʼ 기호를 도입하였다.

현대 네네츠어에서 사용하는 문자는 다음과 같다.

А а	Б б	В в	Г г	Д д	Е е	Ё ё	Ж ж
З з	И и	Й й	К к	Л л	М м	Н н	Ӈ ӈ
О о	П п	Р р	С с	Т т	У у	Ф ф	Х х
Ц ц	Ч ч	Ш ш	Щ щ	Ъ ъ	Ы ы	Ь ь	Э э
Ю ю	Я я	ʼ	ʼʼ

논문과 문법서 등에서 네네츠어의 용례를 라틴 문자 기반으로 전사하여 표기하는 경우도 있다. 대표적으로 Nikolaeva(2014)의 표기와 네네츠어 공식 문자의 대응 관계를 보이면 다음과 같다.

Nenets	IPA	TXS	Nikolaeva2014
и	i	i	ʹi, i, ī, ə, °
ы			i, ə, °	확인필요(reduction?)
э	e	e	ǣ,e
э'	ə	@	ə	확인필요
а	a	a	a, ə, °
у	u	u	u,ū,ə,°
о	o	o	o, ə, °
п	p	p	p
пь	pʲ	p'	p'
т	t	t	t
ть	tʲ	t'	t'
к	k	k	k
'	ɧ	x\	h	확인필요(?voiceless palatal-velar fricative)
''	ɦ	h\	q	확인필요(?voiced glottal fricative)
б	b	b	b/p
бь	bʲ	b'	b'
д	d	d	d/t
дь	dʲ	d'	d'
г	g	g	g
м	m	m	m
мь	mʲ	m'	m'
н	n	n	n
нь	nʲ	n'	n'
ng	ŋ	N	ŋ
с	s	s	s
сь	sʲ	s'	s'
х	h	h	x
в	β	B	w
й	j	j	y
ц	c	c	c
ць	cʲ	c'	c'
л	l	l	l
ль	lʲ	l'	l
р	r	r	r
рь	rʲ	r'	r

е			ye, ʹe
ё  			yo, 'o
ь			'
ю			yu, yū
я			ya, yə, y°