위구르어 모음조화는 구개음화와 순음화의 원칙에 따른 모음의 결합으로 나타난다. 이러한 법칙들은 위구르어의 친족어들에서는 절대적인 특징으로 나타나지만 위구르어에서는 일관성 없이 반영된다. 구개음과 순음 조화의 실현 정도는 키르키즈어와 같은 모음조화 언어들과, 우즈벡어와 같은 모음조화가 일어나지 않는 언어들 사이에 위치한다.
단어의 어근과 접사의 모음이 구개 특성에 따라 일치하는 현상.
Однако закон палатальной гармонии гласных в уйгурском языке носит неустойчивый характер, о чем свидетельствует двоякое произношение таких слов, как әхлақ – ахлақ «нравственность», әһвал – аһвал «положение», адәм – әдәм «человек», әһаң – аһаң «мелодия» и т. д.
Одной из характерных особенностей фонетики уйгурского языка является то, что под влиянием узкого ударного и второго слога широкие гласные а, ә основы переходят в е. Например: ат «лошадь» – ет-им «моя лошадь», баш «голова» – беш-и «его голова», ал «возьми» – ел-иң «возьмите». Регулярный переход ә в е в односложных основах глагола следует рассматривать как одну из разновидностей явления обратного влияния широкого ә аффикса. Например: кәл-әр – кел-әр, бәр-әмсән – бер-әмсән. В многосложных словах обратное влияние узкого гласного к распространяется только на предшествующий ему слог основы (бала – бали-си, а не бели-си, тәләп – тәлив-и, а не телив-и, көргәзмә – көргәзми-си, а не көргизми-си, кәт – кет-ип, кетив-атимән, тағақ – тағиғ-им, тағиғим-ниң).
Однако обратное влияние узкого гласного и на широкие а, ә нейтрализуется в тех случаях, когда между ними образуется барьер-стечение согласных. Например: ал-ди «он взял» (а не ел-ди), кәт-кин «уходи» (а не кет-кин), аст-и (а не ест-и) «его нижняя сторона», шәрт-и (а не шерт-и) «его условие». Обратное влияние узкого гласного и не распространяется также на гласные а и ә некоторых односложных слов: сан «число», сан-и (а не сен-и) «его число», шан «величие», шан-и (а не шен-и) «его величие». Наличие в языке, таких исторически сложившихся лексем, как белиқ «рыба», териқ «просо», ерик, «арык», сериқ «желтый», и двойственных форм, как әқил и еқил «ум», нәтиҗә и нетиҗә «результат», ағиз и еғиз «рот», следует рассматривать как результат обратного влияния узкого гласного и.