• 보트어는 다른 핀-발트족 언어보다 자음단계의 교체가 발달했다.
• 교체되는 자음은 파열음과 파열음군, 마찰음, 파찰음이다.
• 자음의 어근 교체의 조건은 음절의 원래 폐음절성 또는 개음절성이다. 폐음절(원래 폐음절이었던 음절)의 경우, 단어 내에서는 (이 음절 또는 선행 음절의 경계에) 약단계가 오고, 개음절의 경우는 강단계가 사용된다. kotti < *kotti 자루 эсс. kottina < *kottina, but Gen. koti < *kotin, эл. kotissa < *kotista)
• 보트어의 대표적인 자음단계 교체
  • 1) tts/ts: e̮ttsa > e̮tsa 끝(Nom) > 끝(Gen)
  • 2) ttš/d'd': väittšiä > väd'd'i 부르다(부정형) > 부르다(명령형)
  • 3) sk/zz: лaske̮a > лazze̮n 놓아주다(부정형) > 놓아주다(1sg)
  • 4) tk/dg: itke̮a > idge̮n 울다(부정형) > 1sg
  • 5) t/0: site̮: > sie̮ 붕대(Gen) > 붕대(Nom)
  • 6) t/d'd': ri:te̮лe̮n > rid'd'e̮ллa 다투다(1sg) > 다투다(부정형)
  • 7) tš/d': лud'in 읽다(3sg.PAST) > 읽다(1sg. PAST)
  • 8) ht/h: lehto > leho: 나뭇잎 > 나뭇잎pl
  • 9) htš/zg: kahtši > kazge̮: 자작나무(Nom) > 자작나무(Gen)
• 자음단계 교체가 일어나지 않는 경우는 일부 나중에 들어온 차용어뿐이다. šnurka - šnurkaллa 끈(Nom) - 끈(Instr)
• 어간이 하나인 체언의 재내격(inessive)에서 격표지 앞에 오는 겹파열음 kk, pp, tt와 겹파찰음 tts, ttš, 겹자음 ss, 그리고 hs는 항상 강단계를 유지한다. 반면 단일 파열음, 단일음 s는 재내격에서 항상 약단계로 쓰인다. mettsä < mettsä 숲에서 < 숲, 그러나 jaлgaza > jaлka 발에 < 발, pezäzä 둥지 속에 < pesä 둥지
• 자음단계 교체가 일어나는, 2음절 이상의 단어는 복수형에서 항상 약단계로 쓰인다. jaлkoissa 발에서부터, naisi:лe̮“ 여자(Dat. pl.)
• 어근의 교체 외에도 접미사 내 교체가 일어난다. 이는 단어 내 자음의 위치에 의해 결정된다. 예를 들어, 비강세 음절 뒤에 오는 단일자음은 항상 약단계이다. kajaga - kajaga: 갈매기(Nom) - 갈매기(Gen), tšedräziväD - tšedräzin 잣다(pl.PAST) - 잣다(1sg. PAST)
  

1) 가장 대표적인 Sandhi 현상: 어말에서 무성음화되는 B, D, G, Z와 p, t, k, s:

유성음으로 시작하는 단어 앞에 위치할 때 해당 유성음 b, d, g, z로 발음된다. (meneb rinna 나란히 가다 meneB 가다 3rd present, лahz on läsivä 아이가 아프다 лahs 아이)

2) 어말에서 무성음화되는 B, D, G, Z:

무성음으로 시작하는 단어 앞에서 해당 무성음 k, p, t, s로 변한다. (tuлe̮t kolo 집으로 올 것이다 2nd future, tuлe̮D 오다 2nd future)

3) Z와 s는 파찰음 tš 앞에서 š로 변한다. (meš tšüzüB (그) 남자가 묻는다 meZ 남자)

4) -n으로 끝나는 동사 1인칭 어미: 순음 p, m, v 앞에서 역행동화로 인해 순음 또는 동기관음(homorganic sounds)으로 교체된다. (ev ve̮i 나는 할 수 없다, 나는 아프다. em päznü 나는 맞추지 못 했다 en I not, näütäm mitäiD 무언가를 보여준다 1st pres. näütän 보여준다)