• 보트어에는 모음조화가 있다. 하나의 단어 내에는 대개 후설모음 또는 중설모음만 오거나 아니면 전설모음만 온다. лauta 탁자, koto 집, e̮hiago 저녁, tšöhä 기침, älü 이성.

1) i, e는 전설모음 단어와 후설모음 단어에 모두 쓰일 수 있다. isä 아버지, emä 어머니, iva 효모, sopizimma 친하게 지냈다 past pl, peлata 장난치다.

2) o도 1음절이 아닌 위치에서 전설모음 단어에 쓰일 수 있다. eлo 삶, mänko 놀이, süeлmo 사마귀. 1음절이 아닌 위치에 o가 등장하는 동사는 1음절 또는 처음 몇 음절에 전설모음이 있더라도, 후설모음 단어이다. erozimma 우리는 헤어졌다, erotatti 분리했다, erägoitta 분리하다.

3) -o로 끝나는 접미사는 전설모음으로 끝나는 변이형이 없다. -ikko, -likko, -zikko, -to (päivikko 태양, pätö 머리가 없는).

4) -a로 끝나는 접미사도 마찬가지이다. -ka, -kaZ, -kke̮in,-лain (그러나 일부 지역에서는 -läin도 쓰임), -nikka, -ssä, -ttoma-, ko, -kä, -gä, -kö, -gö

5) 일부 의성어와 나중에 들어온 차용어에는 모음조화가 없다.

1) 어말의 무성음 B, D, G와 p, t, k, Z와 s: 문장 내에서 유성음 앞에 위치할 때 해당 유성음 b, d, g, z로 변한다. (meneb rinna 나란히 가다 meneB 가다 3rd present, лahz on läsivä 아이가 아프다 лahs 아이)

2) 무성음 앞에서 마지막의 B, D, G, Z가 해당 무성음 k, p, t, s로 변한다. (tuлe̮t kolo 집으로 올 것이다 2nd future, tuлe̮D 오다 2nd future)

3) Z와 s는 파찰음 tš 앞에서 š로 변한다. (meš tšüzüB (그) 남자가 묻는다 meZ 남자)

4) -n으로 끝나는 동사 1인칭 어미 순음 p, m, v의 역행동화로 인해 그 앞에서 이러한 순음 또는 동기관음(homorganic sounds)으로 대체된다. (ev ve̮i 나는 할 수 없다, 나는 아프다. em päznü 나는 맞추지 못 했다 en I not, näütäm mitäiD 무언가를 보여준다 1st pres. näütän 보여준다)

• 보트어는 다른 핀-발트족 언어보다 자음단계교체가 발달했다.
• 교체되는 자음은 파열음과 파열음 조합, 마찰음, 파찰음이다.
• 자음의 어근 교체, 즉 단어의 어간 중 어근에서의 자음교체 조건은 음절의 원래 폐음절성 또는 개음절성이다. 폐음절 또는 원래 폐음절이라면 단어 내에서는 (이 음절 또는 선행 음절의 경계에) 약단계가 오고, 개음절의 경우는 강단계가 사용된다.

kotti < *kotti 자루 эсс. kottina < *kottina

but Gen. koti < *kotin, эл. kotissa < *kotista)

• 보트어에 특징적인 몇몇 자음단계교체
• 자음단계교체가 일어나지 않는 경우는 나중에 들어온 차용어 중 일부뿐이다.
• 어간이 하나인 체언의 재내격(inessive)에서 격표지 앞에 오는 겹파열음 kk, pp, tt와 겹파찰음 tts, ttš, 겹자음 ss, 그리고 hs는 항상 강단계를 유지한다. 반면 단일 파열음, 단일음 s는 재내격에서 항상 약단계로 쓰인다.
• 교체가 일어나는, 2음절 이상의 단어는 복수형에서 항상 약단계로 쓰인다.
• 어근의 교체 외에도 보트어에는 접미사 내 교체가 일어난다. 이는 단어 내 자음의 위치에 의해 결정된다. 예를 들어, 비강세 음절 뒤에 오는 단일자음은 항상 약단계이다.