보트어에는 모음조화가 있다. 하나의 단어 내에는 대개 후설모음 또는 중설모음만 오거나 아니면 전설모음만 온다.
1) i, e는 전설모음 단어와 후설모음 단어에 모두 쓰일 수 있다.
2) o도 1음절이 아닌 위치에서 전설모음 단어에 쓰일 수 있다.
1음절이 아닌 위치에 o가 등장하는 동사는 1음절 또는 처음 몇 음절에 전설모음이 있더라도, 후설모음 단어이다.
3) -o로 끝나는 접미사는 전설모음으로 끝나는 변이형이 없다.
-ikko, -likko, -zikko, -to (päivikko 태양, pätö 머리가 없는).
4) -a로 끝나는 접미사도 마찬가지이다. -ka, -kaZ, -kke̮in,-лain(일부 지역에서는 -läin도 쓰임), -nikka, -ssä, -ttoma-, ko, -kä, -gä, -kö, -gö
5) 일부 의성어와 나중에 들어온 차용어에는 모음조화가 없다.