야미어는 로마 拼音에 기반을 둔 표음 자모를 사용한다.

야미어의 拼音 체계는 두 가지 버전이 있다. 하나의 교회 버전이고 하나는 학술용 버전이다. 두 가지 표기법은 오로지 하나의 자음에만 차이가 난다.

교회 버전에서 후두 폐쇄음 /ʔ/와 활음 /ɰ/를 모두 하나의 h로 표현하기 때문에 학술용 표기 체계보다 자음 하나가 줄어든다.

학술용 버전에서 / ' /로 후두 폐쇄음 /ʔ/를 표기한다. /h/의 음가는 오로지 /ɰ/하나 뿐이다.

야미어의 표기법은 語音 拼寫法과 讀音 拼寫法 두 가지가 있다.

語音 拼寫法은 실제 발화에서 출현하는 음운 변동을 실제 표기법에 반영하는 표기 방법이다. 新約聖經을 번역할 때 주로 이 방법을 사용했다. 참고서도 대체로 야미족 사람들이 사용하는 이 방법을 사용한다. 그러나 참고서의 표기 체계가 新約聖經의 표기 체계와 완전히 일치하지 않는다.

讀音 拼寫法은 어휘를 어근의 원래형태로 적고, 실제로 발화를 빠르게 할 때 출현하는 음운 변동(음절의 감소, 활음의 추가)을 반영하지 않은 표기 방법이다.