| bilabial | stop | p b |
| bilabial | fricative | ɸ w |
| Bilabial | nasal | m |
| alveolar | stop | t d |
| Alveolar | Sibilant affricate | ts dz |
| alveolar | sibilant fricative | s |
| alveolar | nasal | n n̥ |
| alveolar | trill | r |
| alveolar | lateral approximant | l ɬ |
| retroflex | sibilant fricative | ʐ |
| palato-alveolar | sibilant affricate | dʒ tʃ |
| palato-alveolar | sibilant fricative | ʃ |
| palatal | approximant | j |
| velar | stop | g k |
| velar | non-sibilant fricative | ɣ |
| velar | nasal | ŋ |
| uvular | stop | ɢ q |
| uvular | non-sibilant fricative | χ ʁ |
| glottal | fricative | h |
상술한 단자음 외에 동부요고르어에는 이중 자음이 꽤 많다. 이중 자음들은 거의 모두 문두에 출현하지만, χɢ, hɡ는 문두 아닌 곳에도 출현할 수 있다. 동부요고르어의 이중 자음 목록은 다음과 같다.