상술한 단자음 외에 동유구르어에는 이중 자음이 꽤 많다. 이중 자음들은 거의 모두 문두에 출현하지만, χɢ, hɡ는 문두 아닌 곳에도 출현할 수 있다. 동유구르어의 이중 자음 목록은 다음과 같다.

• sɡ
• sɢ
• ʃb
• ʃd
• ʃɡ
• ʃɢ
• χdʒ
• χɢ
• hd
• hdʒ
• hɡ
• mb
• md
• mdʒ
• nd
• ndʒ
• ŋɡ
• ŋɢ
• ɬd
• ɬdʒ
• rb
• rd
• rdʒ
• rɢ