동부요고르어는 8개의 기본 모음이 있다. 즉, i, y, e, ø, ə, a, u, o 이다. 이 중에서 ə 외에는 모두 장단음으로 나뉜다. 따라서 단모음은 모두 15개라고 할 수 있다.

그리고 이중모음들도 있는데, 이는 몽골어족 언어 중에서 동부요고르어가 가장 많다. 즉, 이중모음으로 ia, iu, io, iou, ye, øi, əi, əu, ai, ui, ua, uai, uo, oi, ou 가 있다.