동부요고르어의 음절 구조는 V, V+C, C+V, C+V+C의 4가지 종류로 이루어져 있다.

(1) V

uu- : 마시다

(2) V+C

eb : 적합하다

(3) C+V

bii : 있다

(4) C+V+C

hdur-ʁan : 벼

V, V+C 는 단독으로 단어가 되거나(이런 경우는 드물다), 단어의 어두 음절이 된다.

C+V, C+V+C 는 단독으로 단어가 될 수도 있고, 어두, 어중, 어말 음절이 될 수도 있다.